Primeiro, a cedilha vem do espanhol e antes de ser usado no c, era colocado um z embaixo de todo o c que devia ser pronunciado com som de s.
Com o tempo, a parte do “z” atrofiou e virou o rabinho no “c”. Originalmente, o “ç” representava um som similar ao “th” (como no inglês three). Esse som, feito na pontinha da língua, não existe em português.